Związany z rafami koralowymi w głębokich, osłoniętych lagunach. Młode osobniki prowadzą samotniczy tryb życia, natomiast dorosłe ryby pływają w parach. Odżywia się przede wszystkim planktonem, chwytanym w toni wodnej oraz drobnymi bezkręgowcami bentosowymi.
Motylki czarnopręgie uzupełniają swoją dietę o pasożyty skórne innych ryb. Bardzo często można obserwować, szczególnie młode osobniki, gdy czyszczą skórę większych gatunków.