Liczebność populacji tej endemicznej dla Japonii małpy jest stabilna. Istotne jest natomiast, by monitorować jej stan, ponieważ rokrocznie zabijanych jest około 10 000 osobników, w celu ograniczenia powodowanych przez nie szkód w rolnictwie.
Dieta makaków japońskich składa się głównie z owoców, liści, nasion, drobnych ssaków i bezkręgowców. Żyją w stadach liczących od kilku do ponad 100 osobników, w których silnie zaznaczona jest hierarchia pomiędzy poszczególnymi małpami.
W odróżnieniu od większości małp makaki japońskie są świetnymi pływakami. Bardzo chętnie korzystają również z gorących źródeł, w których zażywają kąpieli by się ogrzać.
